Postdoctoraal Onderzoeker
LUMC | Leiden | Tijdelijk | Parttime | www.lumc.nl |
Postdoctoraal onderzoeker in Tumor-microbiome Onderzoek
max. € 5.504,- 36 uur phd bepaalde tijd duur project
Solliciteer nu
Je hebt nog 31 dag(en) om te solliciteren
Ben je op zoek naar een uitdagend onderzoeksproject binnen een toonaangevend academisch medisch centrum? En ben je enthousiast om bij te dragen aan een beter begrip van hoe microbiota de menselijke gezondheid en ziekte beïnvloeden? Dan willen we graag met je kennismaken! Hoewel veel menselijke aandoeningen, waaronder tumoraandoeningen, in verband zijn gebracht met veranderingen in het darmmicrobioom, is het minder duidelijk welke microben tumorweefsels kunnen binnendringen en welke tumorsubtypes kenmerkende weefselmicrobiële handtekeningen vertonen.
Bovendien blijven er veel vragen bestaan over hoe microben op moleculair niveau samenkomen en interageren met specifieke gastheercelpopulaties, ondanks het vroege bewijs dat microben bepaalde tumoren koloniseren.
Wat ga je doen?
In dit project zal je microben in tumorweefsels ruimtelijk in kaart brengen en de moleculaire interactie tussen microben en gastheer analyseren door ruimtelijke en bulk-omics data te genereren en te integreren over verschillende modaliteiten.
Je zult samenwerken met andere leden van ons interdisciplinaire team, evenals met externe samenwerkingspartners van het LUMC en daarbuiten die ons interesse delen in ruimtelijke omics (Leiden, NL: Noel de Miranda; Heidelberg, DE: Jan Korbel, Mathias Heikenwaelder, Julio Saez Rodriguez, Jens Puschhof, Eran Elinav; Stockholm, SE: Stefania Giacomello, Eduardo Villablanca).
Wat neem je mee?
• Je hebt een PhD in een biomedische discipline.
• Enthousiasme voor high-throughput benaderingen en kwantitatieve analyse.
• Een sterke interesse om ambitieuze onderzoeksprojecten aan te gaan om een beter begrip te krijgen van de rol van microben in tumorontwikkeling en patiëntenresultaten.
• Aantoonbare ervaring in een van de volgende gebieden:
• Fluorescentiemicroscopie / ruimtelijke omics-technologieën: Ervaring met fluorescentiemicroscopie, kennis van moderne ruimtelijke technologieën (inclusief verschillende multiplex FISH-benaderingen), en praktische ervaring in microbiologie en/of celkweek. Bij voorkeur ervaring met geautomatiseerde beeldverwerving, het ontwerpen/gebruiken van microfluïdische apparaten, en/of andere laboratoriumautomatisering en benaderingen met hoge doorvoer. Interesse om deze technieken toe te passen om bacteriële virulentie, adhesie en invasiemechanismen te karakteriseren die relevant zijn voor kanker.
• Bio-imaging en ruimtelijke gegevensanalyse: Theoretische kennis en praktische computationele vaardigheden (bij voorkeur met Python) in kwantitatieve bio-imaging of ruimtelijke omics-analyse, inclusief beeldsegmentatie, object/punt herkenning, en het ontwerpen/decoderen van fluorescentiebarcodes. Uitzien naar het gebruik van deze vaardigheden voor de integratieve analyse van nieuwe datamodaliteiten die microbiële en gastheerkenmerken vastleggen, met als doel inzicht te verkrijgen in moleculaire interacties tussen gastheer en microbe.
• Biostatistiek en machine learning-toepassingen in microbiome-onderzoek: Grondig begrip en praktische ervaring in het analyseren van sequencing of andere omics-gegevens met statistische en machine learning-methoden (idealiter inclusief metagenomics of andere microbiomegegevens). Enthousiasme om dergelijke benaderingen toe te passen in uitdagende microbiome-projecten om te begrijpen hoe microben interageren met de gastheer en hoe microbiële invloeden tumorprogressie en behandelingresultaten beïnvloeden.
Wat bieden we jou?
Grensverleggend beter worden; dat is onze missie. Dit geldt niet alleen voor de zorg, maar ook voor onze medewerkers. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling en sportbudget.
Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn!
Waar ga je werken?
Het LUMC, gevestigd in Leiden, Nederland, is een academisch medisch centrum voor patiëntenzorg, onderzoek en onderwijs, met als doel de uitdagingen van de gezondheidszorg van morgen aan te gaan. Het heeft een sterke focus op onderzoek, waarbij fundamenteel onderzoek naar ziekteveroorzakende mechanismen wordt verbonden en gecombineerd met patiëntgerichte studies op gebieden zoals oncologie, regeneratieve geneeskunde en volksgezondheid.
Het LUMC beschikt over onderzoeksfaciliteiten met mogelijkheden voor meerdere toepassingen. De combinatie met klinische en maatschappelijke programma's maakt baanbrekend onderzoek en innovatie mogelijk op het gebied van fundamentele en toegepaste wetenschap.
Je komt te werken op een afdeling waar onderzoekers uit de microbiologie, parasitologie, immunologie en infectieziekten samenwerken over disciplines heen aan zowel fundamentele als translationele projecten. Je zult lokale samenwerkingsverbanden buiten LUCID opzetten met veel klinische afdelingen van het LUMC, waaronder pathologie, oncologie en gastro-enterologie, evenals met bioinformatici, datawetenschappers en microbiologen van het LUMC, LU (IBL), en de Technische Universiteit Delft.
Contact
, , LUCID
max. € 5.504,- 36 uur phd bepaalde tijd duur project
Solliciteer nu
Je hebt nog 31 dag(en) om te solliciteren
Ben je op zoek naar een uitdagend onderzoeksproject binnen een toonaangevend academisch medisch centrum? En ben je enthousiast om bij te dragen aan een beter begrip van hoe microbiota de menselijke gezondheid en ziekte beïnvloeden? Dan willen we graag met je kennismaken! Hoewel veel menselijke aandoeningen, waaronder tumoraandoeningen, in verband zijn gebracht met veranderingen in het darmmicrobioom, is het minder duidelijk welke microben tumorweefsels kunnen binnendringen en welke tumorsubtypes kenmerkende weefselmicrobiële handtekeningen vertonen.
Bovendien blijven er veel vragen bestaan over hoe microben op moleculair niveau samenkomen en interageren met specifieke gastheercelpopulaties, ondanks het vroege bewijs dat microben bepaalde tumoren koloniseren.
Wat ga je doen?
In dit project zal je microben in tumorweefsels ruimtelijk in kaart brengen en de moleculaire interactie tussen microben en gastheer analyseren door ruimtelijke en bulk-omics data te genereren en te integreren over verschillende modaliteiten.
Je zult samenwerken met andere leden van ons interdisciplinaire team, evenals met externe samenwerkingspartners van het LUMC en daarbuiten die ons interesse delen in ruimtelijke omics (Leiden, NL: Noel de Miranda; Heidelberg, DE: Jan Korbel, Mathias Heikenwaelder, Julio Saez Rodriguez, Jens Puschhof, Eran Elinav; Stockholm, SE: Stefania Giacomello, Eduardo Villablanca).
Wat neem je mee?
• Je hebt een PhD in een biomedische discipline.
• Enthousiasme voor high-throughput benaderingen en kwantitatieve analyse.
• Een sterke interesse om ambitieuze onderzoeksprojecten aan te gaan om een beter begrip te krijgen van de rol van microben in tumorontwikkeling en patiëntenresultaten.
• Aantoonbare ervaring in een van de volgende gebieden:
• Fluorescentiemicroscopie / ruimtelijke omics-technologieën: Ervaring met fluorescentiemicroscopie, kennis van moderne ruimtelijke technologieën (inclusief verschillende multiplex FISH-benaderingen), en praktische ervaring in microbiologie en/of celkweek. Bij voorkeur ervaring met geautomatiseerde beeldverwerving, het ontwerpen/gebruiken van microfluïdische apparaten, en/of andere laboratoriumautomatisering en benaderingen met hoge doorvoer. Interesse om deze technieken toe te passen om bacteriële virulentie, adhesie en invasiemechanismen te karakteriseren die relevant zijn voor kanker.
• Bio-imaging en ruimtelijke gegevensanalyse: Theoretische kennis en praktische computationele vaardigheden (bij voorkeur met Python) in kwantitatieve bio-imaging of ruimtelijke omics-analyse, inclusief beeldsegmentatie, object/punt herkenning, en het ontwerpen/decoderen van fluorescentiebarcodes. Uitzien naar het gebruik van deze vaardigheden voor de integratieve analyse van nieuwe datamodaliteiten die microbiële en gastheerkenmerken vastleggen, met als doel inzicht te verkrijgen in moleculaire interacties tussen gastheer en microbe.
• Biostatistiek en machine learning-toepassingen in microbiome-onderzoek: Grondig begrip en praktische ervaring in het analyseren van sequencing of andere omics-gegevens met statistische en machine learning-methoden (idealiter inclusief metagenomics of andere microbiomegegevens). Enthousiasme om dergelijke benaderingen toe te passen in uitdagende microbiome-projecten om te begrijpen hoe microben interageren met de gastheer en hoe microbiële invloeden tumorprogressie en behandelingresultaten beïnvloeden.
Wat bieden we jou?
Grensverleggend beter worden; dat is onze missie. Dit geldt niet alleen voor de zorg, maar ook voor onze medewerkers. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling en sportbudget.
Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn!
Waar ga je werken?
Het LUMC, gevestigd in Leiden, Nederland, is een academisch medisch centrum voor patiëntenzorg, onderzoek en onderwijs, met als doel de uitdagingen van de gezondheidszorg van morgen aan te gaan. Het heeft een sterke focus op onderzoek, waarbij fundamenteel onderzoek naar ziekteveroorzakende mechanismen wordt verbonden en gecombineerd met patiëntgerichte studies op gebieden zoals oncologie, regeneratieve geneeskunde en volksgezondheid.
Het LUMC beschikt over onderzoeksfaciliteiten met mogelijkheden voor meerdere toepassingen. De combinatie met klinische en maatschappelijke programma's maakt baanbrekend onderzoek en innovatie mogelijk op het gebied van fundamentele en toegepaste wetenschap.
Je komt te werken op een afdeling waar onderzoekers uit de microbiologie, parasitologie, immunologie en infectieziekten samenwerken over disciplines heen aan zowel fundamentele als translationele projecten. Je zult lokale samenwerkingsverbanden buiten LUCID opzetten met veel klinische afdelingen van het LUMC, waaronder pathologie, oncologie en gastro-enterologie, evenals met bioinformatici, datawetenschappers en microbiologen van het LUMC, LU (IBL), en de Technische Universiteit Delft.
Contact
, , LUCID
Mis geen nieuwe vacatures!
Meld u nu aan en ontvang de nieuwste Gastheer vacatures in Leiden
Het is gratis en je kunt e-mailupdates op elk moment uitschakelen